中國水資源主要賦存于河流、湖泊、水庫、沼澤等地表水生態系統與地下水生態系統中。

河流生態系統主要有松花江、遼河、海河、黃河、淮河、長江、珠江等；淡水湖泊生態系統主要有太湖、鄱陽湖、洞庭湖、洪澤湖、巢湖、洪湖、南四湖、白洋淀、呼倫湖、長白山天池、鏡泊湖、滇池、博斯滕湖等。

由于氣候、地形等自然條件與人口眾多等社會經濟條件的影響，中國水資源呈現如下特點：

水資源總量較豐富，但人均、耕地畝均占有量少。中國多年平均降水總量為60854億立方米，折合降水深643毫米。多年平均水資源總量為27741億立方米，居世界第六位，其中地表水資源量26691億立方米，折合徑流282毫米，地下水資源量8087億立方米。中國幅員遼闊，人口眾多，人均水資源量2200立方米，僅為世界平均水平的1/4；耕地畝均水資源量1440立方米，為世界平均水平的60%。

水資源空間分布不均，與生產力布局不匹配。北方水資源貧乏，南方水資源豐富，且相差懸殊。北方六個水資源區(松花江區、遼河區、海河區、淮河區、黃河區、西北內陸河區)面積占全國的63.5%，人口占全國的46.1%，GDP占全國的44.5%，耕地面積占全國的60.5%，而水資源總量卻只占全國總量的19.1%。南方四個水資源區(長江區、珠江區、東南諸區、西南諸區)面積占全國的36.5%，人口占全國的53.9%，GDP占全國的55.5%，耕地面積占全國的39.5%，而水資源總量卻占全國總量的80.9%。

水資源年內、年際分配不均，造成旱澇災害頻繁。受東南季風氣候影響，中國降水量年內分配極為不均，大部分地區年內連續4個月降水量約占全年的70%，南方水資源區一般出現在4月～7月，北方水資源區一般出現在6月～9月。中國水資源年際變化大，七大江河普遍具有連續豐水或枯水年的周期性變化，豐水年與枯水年水資源量的比值南方水資源區為3.0～5.0，北方水資源區最大可達10.0。水資源時間分配上的不均，造成北方水資源區干旱災害和南方水資源區洪澇災害頻繁發生，也使南方水資源區常出現季節性干旱缺水。